洪水過后，疾病發生的風險就加大了，尤其是非洲豬瘟，目前已有很多地方的豬場發生了非洲豬瘟，顯然與洪水有直接關系。非洲豬瘟病毒污染水源后，其傳播的速度和程度比污染飼料的程度更高，特別是那些以前發生過非洲豬瘟并在豬場附近或場內掩埋的豬場，洪水可能使原本掩蓋（隱藏）的病毒顯露出來，或者將豬場周邊道路、路邊的病毒沖入豬場。病毒可以隨著洪水傳遍整個豬場。

除了病毒之外，洪水還造成了豬的極大應激，造成了豬抵抗力的降低，更容易發病。此外，濕度加大，飼料霉變可能性加大，也會降低豬體抵抗力。由于洪水，進水豬舍的豬向沒有進水的豬舍轉移，造成豬群密度升高，也可加快傳播。

在正常檢測的豬場，由于洪水的影響，可能中斷了檢測程序，或者延誤了檢測，不利清除感染者，就不能清除傳染源和切斷傳播途徑。

豬丹毒是嚴重危害養豬業發展的重要細菌病，2012年以前很少聽說豬場有豬丹毒，但2012年以后，豬丹毒似乎死灰復燃，引起了很多豬場發病，甚至嚴重死亡。

體內有菌 正常豬的體內（主要在扁桃體）就攜帶豬丹毒桿菌，當豬群受到應激因素的影響，或發生免疫抑制性疾病（如藍耳病、圓環病毒病等）的感染或發生霉菌毒素中毒等，豬的抵抗力下降，原本共生或隱性感染的細菌可大量繁殖，致病力升高，從而引發豬丹毒。

土壤的污染 土壤中的豬丹毒桿菌可以存活數年之久，在水淹的豬場，土壤中的細菌可能被沖出，進而擴大污染范圍。同樣，水源被污染，也可導致豬丹毒的感染范圍擴大，引起重大損失。

疾病復雜程度高 由于豬場存在大量的致病菌，在水淹后，無論是下水道，還是土壤里隱匿的細菌都可能大量暴露出來，污染飲水、飼料和環境。曾經有個豬場，被水浸泡過后，剩余的豬發病率極高，即使頻繁用藥，也不能徹底控制。后來這個豬場就徹底清群，清洗、消毒，間隔半年后，重新進豬，基本上沒有什么重大疾病了。

水淹后豬場雜病或混合感染的機會增多

隱性感染或共生菌致病 普通豬場的豬沒有SPF或無菌豬，在體內（包括腸道、呼吸道和泌尿生殖道等）有很多的細菌，如鏈球菌、副豬嗜血桿菌、放線桿菌、葡萄球菌以及很多不常見的細菌，洪水造成豬抵抗力下降后，這些細菌可乘機大量繁殖，通過不同途徑進入非常規寄生部位，從而引起嚴重的疾病。由于很難確定具體引起發病的細菌，大量用藥、聯合用藥也往往無濟于事。無論腹瀉、呼吸道疾病，還是繁殖障礙以及全身感染，都難以用藥物短時間內控制。

水淹豬場如果問題很大，最好清空豬場，并做好清潔和消毒工作。

清群 是指將豬場所有的豬都轉移到別處或者銷售，不留一頭豬。因為留下的豬可能成為重要的傳染源，成為豬場的隱患。

清潔和消毒 當清空豬場、豬舍后，需要徹底清理雜物、淤泥、飼料以及所有不能用于養豬的物品。修不好水損設施，保持排污管道的暢通。高壓沖洗豬舍、豬欄、附屬設施、所有硬化的道路等。病死豬處理設施以及糞污處理設施應重點沖洗。沖洗徹底并干燥后需要噴霧消毒，可選擇過單硫酸氫鉀復合鹽（如衛凈美）1:200稀釋后噴霧消毒，按50ml/m2使用。該產品具有三重消毒作用，氧化、氯化和酸化等，有機物的影響小，殺毒譜超廣。也可以選擇戊二醛、二氧化氯、二氯異氰尿酸鈉/三氯異氰尿酸、碘酸等廣譜消毒藥，具體用量需要參考使用說明書。最好間隔5~7天，更換消毒藥，重新消毒一次。

檢測 徹底消毒干燥后，需要對豬舍地面、豬欄、料槽、水槽、環境、附屬設施等采樣進行病毒（特別是非瘟病毒）檢測和細菌培養，若達不到豬場衛生標準，則需要重新清潔和消毒。

若豬場水淹的不厲害，不一定要徹底清群，主要清理水淹的豬舍，這些豬最好轉移或銷售，不要與其他豬混群飼養。對其局部和水浸的其他區域進行清理和消毒。沒有太大問題的豬舍，可行帶豬消毒。

防霉變 在雨水豐盛的季節，空氣濕度大，飼料及原料更容易發生霉變。因此，需要認真檢查豬場剩余的飼料或原料，如有霉變，應立即停用，還需要檢查濕度，若濕度大，霉變的風險更大。可酌情增加飼料中防霉劑和霉菌毒素吸附劑的用量。

提高抵抗力 高溫、高濕和水淹本身是非常強的應激反應，所以飼料中最好增加維生素和微量元素的添加量。同時可添加具有提高豬抵抗力的添加劑或中藥制劑。

飼料給藥 因為在水淹豬場，雜病比較多，而且很難短時間內對所有病例進行準確診斷和對致病菌進行鑒定，需要采取群體用藥的辦法，對保育、育肥和種豬進行藥物防治。可在每噸飼料中添加妙可美（80%延胡索酸泰妙菌素預混劑）150g+力多美欣（50%鹽酸多西環素）250g+福可欣（20%氟苯尼考粉）200g，連用7~10天（氟苯尼考的用量對胚胎沒有影響）。哺乳仔豬可注射賽菲欣（10%頭孢噻呋），1ml/20kg體重，或0.2~0.5ml/頭（注射1次，7天有效）。

飲水給藥 有條件的豬場，可以選擇飲水給藥，選擇廣譜的抗菌藥物，如安力素（30%、50%和80%阿莫西林可溶性粉）按純粉計，每噸飲水添加80g，連用5天（可將全天的用量添加到4~6小時的飲水中）。

驅蟲 洪水退去后，需要驅蟲一次，包括外寄生蟲和內寄生蟲，因為水可以將寄生蟲卵帶到任何一個地方。

針對豬丹毒 豬丹毒的首選藥物是青霉素，5萬單位/kg體重，每天至少注射3次。而群體用藥首選阿莫西林，可選擇80%安力素，每噸飲水添加120g，連用3~5天，可將全天的用量添加到4~6小時的飲水中。

若使用的地表水、地下水，需要加強消毒，可用二氧化氯、單過硫酸氫鉀復合鹽等。